Logo MTs An-Najah Tebuireng 3 Petalongan Kecamatan Kertitang melambangkan identitas lembaga pendidikan Islam yang berlandaskan nilai keislaman, keilmuan, dan kebersamaan. Bentuk dasar bintang bersudut delapan mencerminkan cahaya ilmu yang menerangi kehidupan, didominasi warna hijau sebagai simbol religiusitas, kedamaian, dan harapan, serta warna kuning sebagai lambang kejayaan dan semangat berprestasi. Kitab terbuka dan pena menggambarkan komitmen terhadap pengembangan ilmu pengetahuan dan literasi, sementara bintang-bintang melambangkan cita-cita luhur dan prestasi peserta didik. Lingkaran padi dan kapas merepresentasikan kesejahteraan, keadilan, dan kepedulian sosial, dengan ikatan di bagian bawah sebagai simbol persatuan dan ukhuwah seluruh warga madrasah dalam mewujudkan generasi berakhlak mulia, cerdas, dan bermanfaat bagi agama, masyarakat, dan bangsa.